Search
  • Gandasari Ekasatya

Metode PCR SGTF untuk mengenali Omicron


Belakangan ini masyarakat dihebohkan dengan munculnya varian Omicron yang merupakan varian baru COVID-19. Varian jenis ini memiliki struktur virus yang berbeda dengan varian sebelumnya. Metode deteksinya pun berbeda dengan varian covid Alpha, Beta, Gamma dan Delta karena harus dideteksi menggunakan PCR SGTF (S Gene Target Failure) karena tidak adanya gen S yang terdeteksi jika dilakukan uji PCR biasa. Tes PCR dengan SGTF diklaim dapat mendeteksi kekhasan Omicron. Bila hasil tes PCR menunjukkan hasil positif tapi tidak memiliki elemen tersebut, kasus tersebut dikategorikan kemungkinan besar merupakan varian Omicron. Fenomena ini belakangan ditemukan pada Omicron, dimana pada varian ini mutasi spike proteinnya berada di posisi 69-70 (3).


Jika pada PCR biasa yang dilakukan untuk deteksi covid varian sebelumnya (varian Alpha, Beta, Gamma, Delta) hasilnya selalu menunjukkan informasi CT value yang terdiri dari keterangan masing-masing gen dari sampel yang diambil, seperti gen N, Orf, Rdrp dan gen S. Namun pada varian Omicron keterangan untuk gen S tidak muncul sehingga perlu ditindak lanjuti dengan pemeriksaan WGS (Whole Genome Sequencing) untuk memastikan varian dari virus tersebut (1,2). SGTF berfungsi sebagai maker, hasil dapat diperoleh dalam 4-6 jam saja, sedangkan WGS membutuhkan 3-5 hari (1).


Sumber

(1) https://www.cnnindonesia.com/teknologi/20211011132439-199-706116/cara-kerja-sgtf-deteksi-varian-omicron-kala-sulit-pakai-pcr-di-ri

(2) https://health.detik.com/berita-detikhealth/d-5480902/benarkah-varian-corona-b117-bisa-tak-terdeteksi-pcr-ini-kata-ahli-soal-sgtf

(3) https://www.kompas.com/tren/read/2021/12/17/143000165/mengenal-varian-omicron-karakter-gejala-hingga-cara-mencegahnya?page=all

3 views0 comments