Search

WHOLE GENOME SEQUENCING (WGS)

Saat ini, kasus COVID-19 di Indonesia kembali mengalami peningkatan yang signifikan. Selain itu, beberapa wilayah di Indonesia melaporkan adanya varian baru COVID-19 dalam pasien yang teridentifikasi sebagai virus korona varian Delta. Tahu kah kalian bagaimana varian baru suatu virus dapat muncul dan terdeteksi?. Hal tersebut dapat diketahui melalui proses bernama Whole Genome Sequencing (WGS) (2).



Pengertian Whole Genome Sequencing

Setiap makhluk hidup memiliki materi genetik berupa Ribonucleic Acid (RNA) atau Deoxyribonucleic Acid (DNA) yang tersimpan dalam tiap sel penyusun tubuhnya (genom). Data genom-genom inilah yang akan diolah dan diurutkan menjadi suatu kesatuan dengan teknik komprehensif bernama Whole Genome Sequencing (WGS). Teknologi yang digunakan untuk pengurutan ini disbeut dengan Next Generation Sequencing (NGS) (4).


Dalam hubungannya dengan Covid, genome sequencing yang dilakukan ini merupakan upaya melihat urutan kode genetik virus SARS-CoV-2. Metode ini bermanfaat sebagai salah satu kunci penanganan infeksi COVID-19 karena dapat memahami pola distribusi virus

sehingga bermanfaat untuk penanggulangan dan pencegahan infeksi ini ke depannya (1).


Metode Identifikasi COVID-19

  1. Pemotongan DNA (sharing) pada bagian molekuler DNA virus menjadi bagian lebih kecil agar mesin pengurut DNA dapat membacanya.

  2. Pengodean DNA (barcoding) memberikan kode atau sejenis barcode untuk mempermudah proses identifikasi.

  3. Whole genome sequencing, memasukkan DNA beberapa sampel virus ke dalam sebuah alat (sequencer) untuk melacak sumber DNA.

  4. Analisis data dengan membandingkan urutan DNA virus dan mengidentifikasi perbedaannya. Proses inilah yang memberikan informasi bagaimana tingkat kedekatan dan kekuatan jenis virus tertentu untuk menimbulkan gejala yang sama pada manusia (1).


Fungsi Whole Genome Sequencing

  1. Dapat melacak rute transmisi virus

  2. Dapat mengetahui asal virus

  3. Dapat memperoleh gambaran dan sebaran virus pada tiap area

  4. Dapat mendeteksi adanya varian baru akibat adanya proses mutasi virus SARS-CoV-2

  5. Menemukan penyebab dari penyakit keturunan yang langka

  6. Menyediakan informasi genetik dari penyakit yang kompleks

  7. Menemukan penyebab mutasi pada tipe kanker tertentu ataupun kanker yang diturunkan (inherited cancers) (1,3,4).


Aplikasi WGS Dalam Pandemi COVID-19

  1. Digunakan sebagai alat untuk mendapatkan cetak biru genetik (genetic blueprint) dari genom virus SARS-CoV-2

  2. Identifikasi mutase baru virus SARS-CoV-2

  3. Pelacakan asal virus SARS-CoV-2

  4. Menjadi fondasi untuk riset vaksin dan memformulasikan perawatan yang tepat untuk menangani kasus COVID-19 di suatu negara oleh peneliti dan tenaga medis

  5. Digunakan untuk memetakan dan mempelajari alur penyebaran COVID-19, sehingga suatu negara dapat merancang strategi untuk menahan laju penularan virus SARS-CoV-2 (4).


DAFTAR PUSTAKA

(1) https://gsilab.id/blog/genome-sequencing-covid-19-adalah-deteksi-virus/

(2) http://lipi.go.id/siaranpress/tim-riset-whole-genome-sequencing-lipi-deteksi-covid19-varian-delta/22423

(3) https://www.beritasatu.com/megapolitan/788797/whole-genome-sequencing-covid19-kota-bogor-belum-ada-hasil

(4) https://genecraftlabs.com/id/whole-genome-sequencing/




5 views0 comments